MATHONNET est le diminutif de MATHON, le suffixe –et signifiant petit. Ce nom vient du prénom Mathieu, nom de baptême d’origine biblique, dérivé de l’hébreu Mattai, don de Dieu. Sont de la même origine les Mahey, Mathé, Mathier, Mattei, Mathonat, Mathonneau, Mathet, Matheau, Mathelon, Matheron, …
Le nom de Mathonnet est mentionné en 1458 et Mathon dès 1367.